เองก็แก่ชราแล้ว จึงกลับเข้ามายังเมืองเวียงจันท์ หมายจะมาขอสามิภักดิ แต่พระบาทสมเด็จฯ พระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ไม่ทรงวางพระราชหฤทัย จึงทรงตั้งเจ้านันทเสนบุตรคนใหญ่ของพระเจ้าสิรบุญสารขึ้นไปครองเมืองเวียงจันท์เปนประเทศราช พระราชทานพระบางอันเปนพระพุทธรูปสำหรับเมืองคืนให้เปนเกียรติยศ ส่วนพระเจ้าสิริบุญสารนั้นก็พระราชทานอนุญาตให้อยู่ในเมืองเวียงจันท์กับบุตรต่อมาจนถึงพิราลัย แต่เจ้านันทเสนครองบ้านเมืองมาไม่เรียบร้อย โปรดฯ ให้กลับลงมาอยู่กรุงเทพฯ ทรงตั้งเจ้าอินทวงศบุตรของพระเจ้าสิริบุญสารรองจากเจ้านันทเสนลงมา (ซึ่งเปนเจ้าตาของเจ้าฟ้ากุณฑลทิพยวดี) ขึ้นไปครองเมืองเวียงจันท์ โปรดฯ ให้เจ้าอนุวงศ (ที่เรียกกันเปนสามัญว่า “เจ้าอนุ”) บุตรของพระเจ้าสิริบุญสารอีกคน ๑ เปนตำแหน่งอุปราช เจ้าอนุวงศเปนคนมีความสามารถ เคยได้คุมกองทัพเมืองเวียงจันท์ไปช่วยรบพม่าทางเมืองเชียง
