พระนเรศวรน้อยพระหฤทัยที่พระเจ้าหงสาวดีทำทุจริตคิดร้าย จึงประกาศทำสงครามกับกรุงหงสาวดีที่ในเมืองแครงนั้น แล้วทรงปรารภถึงพระมหาเถรคันฉ่อง แลพระยาเกิยรติ พระยาพราม โดยทรงพระราชดำริห์เห็นว่า ถ้าอยู่ต่อไปในพระราชอาณาจักรของพระเจ้าหงสาวดีก็จะไม่พ้นราชภัย จึงทรงชักชวนให้เข้ามาอยู่เสียในกรุงศรีอยุธยา พระมหาเถรคันฉ่อง แลพระยาเกียรติ พระยาพราม เห็นชอบตามพระราชบริหาร จึงอพยพญาติโยมแลสมัคพรรคพวกตามเสด็จสมเด็จพระนเรศวรเข้ามากรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชทรงระลึกถึงคุณูปการซึ่งพระมหาเถรคันฉ่องได้ช่วยแก้ไขให้พระราชโอรสพ้นภัยอันตราย จึงทรงตั้งพระมหาเถรคันฉ่องให้เปนสมเด็จพระสังฆราชครองวัดมหาธาตุ มีราชทินนามว่าสมเด็จพระอริยวงศญาณ ครั้งนั้นจึงแบ่งคณะสงฆ์ออกเปน ๒ คณะ เรียกว่าคณะเหนือ ให้ขึ้นในสมเด็จพระอริยวงศญาณคณะ ๑ เรียกว่าคณะใต้ ให้ขึ้นในสมเด็จพระวันรัตน์ซึ่งเปนสมเด็จพระสังฆราชเดิมคณะ ๑ ข้อนี้ข้าพเจ้าได้กราบทูลหารือสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส มีรับสั่งว่า ทรงพิจารณาดูเห็นเหตุหลายประการซึ่งทรงพระดำริห์ว่า ความจริงจะไม่เปนอย่างที่กล่าวในหนังสือพระราชพงศาวดาร เพราะพระมหาเถรคันฉ่องนั้นเปนมอญนอกซึ่งพูดไทยไม่ได้ แลไม่รู้จักขนบธรรมเนียมไทย ถึงจะมีคุณูปการแก่สมเด็จพระนเรศวรสักเพียงไร ซึ่งว่าสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชจะทรงตั้งให้เปนสมเด็จพระสังฆราชเปนประธานแก่สงฆบริษัททั่วไป หรือแม้จะเปนแต่เพียงเจ้าคณะใหญ่ฝ่ายเหนือ ก็จะบังคับบัญชาการไม่ได้ ไม่ต้องป่วยกล่าวไปถึงว่าอาจจะเปนเหตุฝ่าฝืนความนิยมของพระสงฆ์
