ปรักหักพังอยู่มาก ด้วยเหตุเมืองกำแพงเพชรเป็นเมืองหน้าด่านดังกล่าวแล้ว มาถึงสมัยกรุงศรีอยุธยาและกรุงธนบุรี ระหว่างที่เกิดสงครามกับพะม่า จึงเป็นเมืองที่ถูกเหยียบย่ำทำลายอยู่เสมอ เคยตกเป็นทำเลที่พักปลูกยุ้งฉางและเป็นที่ทำนาของข้าศึกหลายคราว.
จังหวัดขุขันนี้ปรากฏในพงศาวดารอีสานว่า ตั้งขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยาเมื่อ พ.ศ. ๒๓๐๒ คือ ให้ยกบ้านปราสาทสี่เหลี่ยมดงลำดวนขึ้นเป็นเมืองขุขัน ดังนี้ และมาปรากฏชื่อในพงศาวดารสมัยกรุงธนบุรีอีกครั้งหนึ่งว่า เมื่อ พ.ศ. ๒๓๑๙ พระยานางรองไปคบคิดกับเจ้าโอ เจ้าอิน และอุปฮาดเมืองนครจำปาศักดิ์ เป็นกบฏต่อพระเจ้ากรุงธนบุรี กองทัพกรุงออกไปปราบ และตั้งเกลี้ยกล่อมได้เขมรป่าดงเมืองตะลุง เมืองสุรินทร์ เมืองสังขะ และเมืองขุขัน ดังนี้ แต่นักโบราณคดีเห็นกันว่า จังหวัดขุขันน่าจะเป็นเมืองสมัยขอม เพราะมีโบราณสถาน เช่น ปรางค์กู่สมัยขอม อยู่ในเขตต์จังหวัดหลายแห่ง เช่น ปรางค์กู่ที่บ้านกำแพง เป็นต้น เล่ากันว่า เมืองขุขันนี้เดิมชื่อ ศรีนครลำดวน ตั้งอยู่ที่ตำบลดวนใหญ่ อำเภอศรีษะเกษ ค่ายคูและกำแพงที่ยังปรากฏอยู่แสดงให้เห็นว่า สร้างสมัยเดียวกับเมืองสุรินทร์ เพราะคล้ายคลึงกันมาก ภายหลัง เมืองนครศรีลำดวนนี้กันดารน้ำ จึงย้ายไปตั้งที่ตำบลห้วย
