เมื่อในรัชกาลที่ ๕ ถึงกระนั้น การปกครองกรุงศรีอยุธยาก็ยังเอาแบบของไทยใช้เป็นหลัก เป็นต้นว่า การปกครองอาณาเขตเมื่อชั้นแรกก็วางแบบแผนทำนองเดียวกันกับครั้งกรุงสุโขทัยเป็นราชธานี คือ เอาพระนครศรีอยุธยาเป็นราชธานีอยู่กลาง มีเมืองหน้าด่านทั้ง ๔ ด้าน เมืองลพบุรีอยู่ด้านเหนือ เมืองนครนายกอยู่ด้านตะวันออก เมืองพระประแดงอยู่ด้านใต้ เมืองสุพรรณบุรีอยู่ด้านตะวันตก ระยะทางไปมาถึงราชธานีได้ภายใน ๒ วันเช่นเดียวกัน หัวเมืองนอกจากนั้นก็ยังให้ปกครองกันเองทั่วไป วิธีการปกครองกรุงศรีอยุธยามาแก้ไขมากเมื่อรัชกาลสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เหตุด้วยเมื่อได้อาณาเขตกรุงสุโขทัยซึ่งลดศักดิ์ลงเป็นประเทศราชอยู่นั้นมาเป็นเมืองขึ้นกรุงศรีอยุธยา และตีได้เมืองนครธมซึ่งเป็นราชธานีของประเทศขอมเมื่อปีฉลู พ.ศ. ๑๙๗๖ ในสมัยนั้น ได้ข้าราชการเมืองสุโขทัยและชาวกรุงกัมพูชาทั้งพวกพราหมณ์พวกเจ้านายท้าวพระยาซึ่งชำนาญการปกครองมาไว้ในกรุงศรีอยุธยาเป็นอันมาก ได้ความรู้ขนบธรรมเนียมราชการบ้านเมืองทั้งทางกรุงสุโขทัยและกรุงกัมพูชาถ้วนถี่ดีกว่าที่เคยรู้มาแต่ก่อน จึงเป็นเหตุให้แก้ไขประเพณีการปกครอง เลือกทั้งแบบแผนในกรุงสุโขทัยและแบบแผนขอมในกรุงกัมพูชามาปรุงเป็นวิธีการปกครองกรุงศรีอยุธยาตั้งแต่ในรัชกาลสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถและต่อมาในรัชกาลสมเด็จพระรามาธิบดีพระองค์ที่ ๒ ซึ่งเป็นราชโอรสสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ วิธีปกครองที่ปรุงขึ้นเมื่อระหว่าง พ.ศ. ๑๙๙๑ จน พ.ศ. ๒๐๗๒ ใน ๒ รัชกาลที่กล่าว
