จักรพรรดิพงศ์ เป็นแม่กอง มีกอมมิตตี ๑๐ นายเป็นที่ปรึกษาอยู่ แล้วจึงโปรดเกล้าฯ ให้แยกตั้งกอมมิตตี ๔ นาย คือ พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระนเรศวรฤทธิ์ เป็นเจ้าพระน้องยาเธอ กรมหมื่น ๑ พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระสวัสดิ์วัฒนวิศิษฎ์ (ยังเป็นพระเจ้าน้องยาเธอ พระองค์เจ้าสวัสดิ์โสภณ) ๑ พระยาเทพประชุม ผู้ว่าที่เกษตราธิบดี ๑ พระยาธรรมสารนิติวิชิตภักดี ๑ ทั้ง ๔ นี้ เป็นผู้มีอำนาจปรึกษากันบังคับการเด็ดขาดในตำแหน่งที่เสนาบดีกรมพระนครบาล
วันที่ ๑ เมษายน ร.ศ. ๑๑๑ (พ.ศ. ๒๔๓๕) โปรดเกล้าฯ ให้จัดราชการเป็น ๑๒ กระทรวง เฉภาะกรมพระนครบาลให้เลิกกอมมิตตีเสีย โปรดเกล้าฯ ให้พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระนเรศวรฤทธิ์ (ยังเป็นพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่น) เป็นเสนาบดีว่าการกรมพระนครบาล
วันที่ ๒๕ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๕๐ โปรดเกล้าฯ ให้พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระนเรศวรฤทธิ์ เป็นเสนาบดีกระทรวงโยธาธิการ (กระทรวงคมนาคม) แลให้พระยาสุขุมนัยวินิต (ปั้น สุขุม) เสนาบดีกระทรวงโยธาธิการ มาเป็นเสนาบดีกระทรวงนครบาล แลจัดกรมศุขาภิบาลด้วย (เป็นเจ้าพระยายมราชเมื่อวันที่ ๑๖ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๕๑) จนถึง พ.ศ. ๒๔๖๕ รวมกระทรวงนครบาลเข้าเป็นกระทรวงมหาดไทย และโปรด
