ตั้งแต่เสร็จศึกหงสาวดีครั้งที่ ๒ พอสมเด็จพระมหินทราธิราชขึ้นครองกรุงศรีอยุธยา ก็เริ่มรังเกียจกันกับพระมหาธรรมราชา น่าจะเป็นด้วยสมเด็จพระมหินทรฯ ทรงขัดเคืองพระมหาธรรมราชาว่า เมื่อยอมแพ้ข้าศึกแล้ว ประจบประแจงพระเจ้าหงสาวดีเกินกว่าเหตุ ฝ่ายพระมหาธรรมราชาก็ไม่นับถือสมเด็จพระมหินทรฯ มาแต่ก่อน และบางทีจะเคยดูหมิ่นว่าไม่ทรงพระปรีชาสามารถด้วย ซ้ำมามีสาเหตุเกิดขึ้นด้วยพระยารามณรงค์ผู้ว่าราชการเมืองกำแพงเพ็ชรเอาใจออกหากจากพระมหาธรรมราชาขอลงมารับราชการในกรุงฯ สมเด็จพระมหินทรฯ ยกย่องความชอบพระยารามฯ เมื่อครั้งต่อสู้พระเจ้าหงสาวดี ให้ว่าที่สมุหนายกอันเป็นผู้บังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายเหนือ เพราะฉะนั้น รัฐบาลในกรุงฯ สั่งราชการบ้านเมืองไปอย่างไร เมืองเหนือก็มักโต้แย้งไม่ฟังบังคับบัญชาโดยเคารพเหมือนอย่างเมื่อครั้งสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ ก็เลยเกิดระแวงสงสัยกันทั้ง ๒ ฝ่าย ฝ่ายสมเด็จพระมหินทรฯ สงสัยว่า พระมหาธรรมราชาจะไปเข้ากับพระเจ้าหงสาวดี ข้างฝ่ายพระมหาธรรมราชาก็สงสัยว่า สมเด็จพระมหินทรฯ คอยหาเหตุจะกำจัดเสียจากเมืองเหนือ ความส่อต่อไปอีกอย่าง ๑ ว่า สมเด็จพระมหาจักรพรรดิคงต้องออกไปเป็นตัวจำนำอยู่เมือง
