ตำแหน่งนี้ ๒ ปี ถึง พ.ศ. ๒๔๔๔ ย้ายไปเปนปลัดทัพบก และได้ เปนตำแหน่งองครักษมนตรี ต่อมาอิก ๒ ปี ถึง พ.ศ. ๒๔๔๖ ได้ เลื่อนยศ ขึ้นเปนนายพันเอกตำแหน่งรองผู้บัญชาการกรมยุทธนาธิการ แล้วเลื่อนขึ้นเปนนายพลตรี รับพระราชทานสัญญาบัตรเปนพระยาสีห ราชเดโชไชย และได้พระราชทานพานทองด้วย ในระยะนี้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้กรมหลวงนครไชยศรีสุรเดช ซึ่งเปนผู้บัญชาการกรมยุทธนาธิการ เสด็จออกไปราชการณประเทศยุโรป ทางนี้เกิดเหตุพวกเงี้ยวก่อการจลาจลขึ้นในมณฑลภาคพายัพ เจ้าพระยาบดินทรเดชานุชิต เปนผู้รั้งราชการกรมยุทธนาธิการต้องรับน่าที่จัดกองทหารส่งขึ้นไปปราบพวกผู้ร้ายเงี้ยว เปนการปัจจุบันในชั้นต้น จัดการได้รวดเร็วเรียบร้อยทันราชการเกินกว่าที่คนคาดหมายกันโดยมาก เมื่อเสร็จราชการครั้งนั้นทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เลื่อนยศขึ้นเปนนายพลโท คนทั้งหลายอันอยู่นอกกรมทหารก็เห็นพร้อมยอมกันในคราวนี้ ว่าเจ้าพระยาบดินทรเดชานุชิตเปนผู้มีความสามารถ ในข้าราชการชั้นผู้ใหญ่คน ๑ ไม่มีเสียงสอดแคล้วคัดค้านในเวลาที่ท่านได้มีตำแหน่งสำคัญยิ่งขึ้นในชั้นต่อมา นอกจากน่าที่ต่าง ๆ ที่ได้กล่าวมา เจ้าพระยาบดินทรเดชานุชิต ได้รับราชการในน่าที่พิเศษเมื่อรัชกาลที่ ๕ อิกหลายครั้ง คือได้เปนแม่ทัพพิเศษในการรวมพลสวนสนาม รับเสด็จพระบาทสมเด็จฯ พระจุล จอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเมื่อเสด็จกลับจากยุโรปทั้งคราวแรก เมื่อ พ.ศ. ๒๔๔๐
