พระเจ้าหงษาวดีมาตั้งล้อมพระนครอยู่ถึง ๗ เดือน เอาไชยชนะไม่ได้ ปฤกษาแม่ทัพนายกองเห็นว่า เชิงศึกเสียเปรียบไทยลงทุกวัน ก็เลิกทัพกลับคืนไปเมืองหงษาวดี
ในหนังสือพระราชพงษาวดารว่า รุ่งปีขึ้น พระเจ้าหงษาวดียกมาล้อมพระนครอิกครั้ง ๑ ตีพระนครไม่ได้ เลิกกลับไปอิก การศึกพระเจ้าหงษาวดีครั้งหลังนี้ไม่มีในพงษาวดารพม่า ในหนังสือพระราชพงษาวดารก็ไม่ปรากฎรายการ ข้าพเจ้าจึงเข้าใจว่า ที่จริง พระเจ้าหงษาวดีเห็นจะยกมาคราวเดียว แต่สงครามทำอยู่ตั้งแต่เดือนยี่ ปีจอ จนเดือน ๘ ปีกุญ จดหมายเหตุจดเปน ๒ ปี เปนเหตุให้ผู้แต่งพงษาวดารเข้าใจไปว่า ๒ คราว ข้าพเจ้าจึงไม่นับที่ว่า พระเจ้าหงษาวดียกมาครั้งที่ ๒ อิกคราว ๑ นั้น
ปีขาล จุลศักราช ๙๕๒ พ,ศ, ๒๑๓๓ สมเด็จพระมหาธรรมราชาสวรรคตเมื่อณวัน ๑ ๑๓ฯ ๘ ค่ำ ถึงแผ่นดินสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เสด็จผ่านพิภพได้ ๔ เดือน พอถึงเดือน ๑๒ ข้างแรม ในปีนั้น พระเจ้าหงษาวดีไชยสิงห์ก็ให้พระมหาอุปราชาหงษาวดี กับเจ้าเมืองพสิม เจ้าเมืองภุกาม ยกกองทัพเข้ามาตีเมืองไทยทางด่านพระเจดีย์สามองค์ เหตุที่พม่าจะยกเข้ามาครั้งนี้ ได้ความในหนังสือพงษาวดารพม่าว่า ตั้งแต่พระเจ้าหงษาวดีเข้ามาตีกรุงศรีอยุทธยามา เสียรี้พลล้มตายเปนอันมาก ตีกรุงศรีอยุทธยาไม่ได้