มาก และเป็นผู้ฝักใฝ่ในสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีจนได้เป็นสมเด็จพระสังฆราช ต่อมาในรัชกาลที่ ๑ ถูกลดยศลงมาเป็นว่าที่พระพนรัตน์ ฉะนั้นจึงทำให้น่าคิดว่า พระมหาธรรมธิรราชมุนี (ชื่น) น่าจะเป็นผู้เขียนพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรี เนื่องจากท่านเป็นผู้ฝักใฝ่ในสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีมาก การเขียนยกย่องเทิดทูนบุคคลที่ท่านนับถือจึงเขียนได้โดยบริสุทธิ์ใจ ดังข้อความที่ปรากฏในตอนต้นของพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรี
มีบานแผนกในหนังสือพระราชพงศาวดารฉบับตัวเขียนซึ่งทำให้นักประวัติศาสตร์ถือกันว่า พระราชพงศาวดารฉบับนี้ สมเด็จกรมพระปรมานุชิตชิโนรสกับสมเด็จพระพนรัตน์วัดพระเชตุพนผู้เป็นพระอุปัชฌาจารย์ของพระองค์ได้ชำระและเรียบเรียงต่อลงมาจนถึงกลางแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก บานแผนกในพระราชพงศาวดารฉบับนั้นมีข้อความว่าดังนี้
“ศุภมัศดุ จุลศักราช ๑๑๕๗ ปีเถาะสัพศก พระบาทสมเด็จพระบรมธรรมฤกมหาราชาธิราชรามาธิบดีบรมนาถบรมบพิตรพระพุทธเจ้าอยู่หัวผู้เสด็จดำรงพิภพมไหศวรรยาธิปัติถวัลยราช ณ กรุงเทพมหานครบวรรัตนโกสินทร์มหินทรายุธยา เถลิงพระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท ทรงชำระเรื่องพระราชพงศาวดาร แล้วสมเด็จพระพนรัตน์วัดพระเชตุพนผู้เป็นพระอุปัุชฌาจารย์ กับพระเจ้าลูกเธอทรงพระนามสมเด็จพระปรมานุชิตชิโนรสศรีสุคตขัติยวงศ์ผู้เป็นศิษย์ ได้ชำระสอบเรื่องต้นปลายและเรียบเรียงสืบต่อลงมาครั้งหลังจนถึงแผ่นดินกรุงเทพมหานครซึ่งตั้งใหม่นี้”
ฉะนั้นจึงเป็นที่ทราบแน่นอนว่า พระราชพงศาวดารฉบับสมเด็จกรมพระปรมานุชิตชิโนรสนั้นได้ใช้พระราชพงศาวดารฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) เป็นหลัก แล้วแก้ไขเพิ่มเติมและแซกเรื่องใหม่เข้าไปอีก รวมพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรีซึ่งพระมหาธรรมธิรราชมุนีเขียนไว้เข้าไปด้วย โดยแก้ไขเพิ่มเติมข้อความตอนท้ายบ้าง แล้วแต่งต่อลงมาจนถึง จ.ศ. ⟨๑๑๕๔⟩ (พ.ศ. ๒๓๓๕)
ปัญหาจึงมีว่า พระราชพงศาวดารฉบับนี้ชำระและแต่งขึ้นเมื่อใด เมื่อพิจารณาแล้วจะเห็นได้ว่า เมื่อผู้แต่งได้ยึดพระราชพงศาวดารฉบับ