แต่สองดวงแล้ว ใช้ประทับพระราชลัญจกรมหาโองการเบื้องซ้าย ประทับพระราชลัญจกรไอราพตเบื้องขวา ส่วนพระราชลัญจกรในพระองค์ ทรงพระกรุณาโปรดให้สร้างขึ้นใหม่เป็นรูปวชิระ (ดู รูปที่ ๕)
พระราชลัญจกรพระครุฑพาหได้เปลี่ยนแปลงรูปและการใช้มาโดยลำดับ เดิมมีลายเป็นพระนารายณ์ทรงครุฑ ใช้ประทับประกาศต่าง ๆ อยู่ทางเบื้องขวาของพระราชลัญจกรไอราพต แล้วเปลี่ยนลายให้เหลือแต่ครุฑ ไม่มีองค์พระนารายณ์ สำหรับใช้ประทับกำกับพระปรมาภิไธยแทนตราอามแผ่นดินในรัชกาลที่ ๕ ส่วนที่ใช้ประทับประกาศต่าง ๆ อยู่ทางเบื้องขวาของพระราชลัญจกรไอราพต เปลี่ยนเป็นใช้พระราชลัญจกรหงสพิมานแทน มาในรัชกาลที่ ๖ ทรงใช้พระราชลัญจกรพระครุฑพาหเป็นตราประจำรัชกาล แล้วเปลี่ยนมาใช้เป็นตราแผ่นดินตลอดมาจนบัดนี้
พระราชลัญจกรหงสพิมานเป็นตราเก่าองค์หนึ่ง แต่เห็นจะเลิกใช้มาแล้วช้านาน เพราะคำปรารภในพระราชบัญญัติพระราชลัญจกร รัตนโกสินทรศก ๑๓๐ อ้างว่า "ในคราวที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสร้างพระราชลัญจกรมหาโองการองค์กลางและพระครุฑพาหองค์กลางขึ้นนั้น มีพระราชปรารภจะทรงสร้างพระราชลัญจกรหงสพิมานขึ้นให้ครบพระเป็นเจ้าทั้งสาม แต่ยังหาได้ทรงสร้างขึ้นไม่" ความ
