ได้ลอบมาชักชวนพวกมะลายูในไทรบุรีและหัวเมืองแขกอื่น มีปัตตานี ยิริง ยะลา ให้เป็นกบฏยกทัพมาตีเมืองสงขลา แต่พอเจ้าพระยาพระคลังยกกองทัพลงไปปราบ พวกแขกก็ไม่คิดต่อสู้ ต่างแตกหนีไป ไทยตามลงไปปราบจนถึงเมืองเประ การกบฏจึงสงบไปคราวหนึ่ง ต่อมาถึง พ.ศ. ๒๓๘๑ ตนกูหมัดสะวะ หลานเจ้าพระยาไทรปะแงะรัน ข้ามมาจากเกาะปินัง มาชักชวนให้ชาวไทรบุรี ปัตตานี และหัวเมืองแขก ซึ่งเจ้าเมืองเป็นไทยนั้น ให้ก่อการกำเริบขึ้นอีก พวกแขกได้เผาเมืองจะนะเสียแล้วยกเข้ามาตั้งค่ายประชิดเมืองสงขลา พระยาวิเชียรคีรี (เถี้ยนเส้ง ณสงขลา) ได้ระดมพวกจีนพวกไทยช่วยกันป้องกันเมืองสงขลาเป็นสามารถ พวกมะลายูตีไม่ได้ ก็ตั้งมั่นอยู่ ครั้นกองทัพกรุงและนครศรีธรรมราชยกหนุนลงไป จึงตีพวกมะลายูแตกพ่ายไป เจ้าพระยาพระคลังอยู่ที่สงขลาสองปี จัดการหัวเมืองแขกสงบแล้ว จึงกลับกรุง ในระหว่างนี้ ได้โปรดให้ยกเมืองสะตูลมาขึ้นแก่เมืองสงขลาด้วย ถึง พ.ศ. ๒๓๘๕ ได้โปรดให้ส่งไม้ชัยพฤกษและเทียนชัยไปพระราชทานเจ้าเมืองสงขลา ให้ปักหลักเมืองอีกครั้งหนึ่ง (ครั้งแรกปักในรัชชกาลที่ ๑) ต่อมา พระยาวิเชียรคีรีเห็นว่า การปกครองหัวเมืองมะลายู ๗ เมืองก็เป็นการยากอยู่แล้ว ยังจะต้องปกครองเมืองสตูลซึ่งมักจะมีข้อวิวาทกับเมืองปลิศอยู่เนือง ๆ อีกด้วย ก็ยิ่งลำบากขึ้น จึงได้มีหนังสือมากราบบังคมทูลขอให้ยกเมืองสะตูลไปขึ้นแก่นครศรีธรรมราชตามเดิม.
