เสด็จกลับยังกรุงเทพมหานคร ในปีนั้น ปรางค์วัดมหาธาตุทำลายลงจนชั้นครุธพื้นอัษฎงค์.
๏ลุศักราช ๙๘๙ ปีเถาะ นพศก ทรงพระกรุณาแต่งพระมหาชาติคำหลวงแลสร้างพระไตรปิฎกธรรมไว้สำหรับพระสาสนาจบบริบูรณ์ ครั้นณวัน ๕ ๖ฯ ๒ ค่ำ สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระประชวรเดือนหนึ่งกับสิบหกวัน เสด็จสวรรคต พระเจ้าทรงธรรมอยู่ในราชสมบัติ ๒๕ พระพรรษา พระองค์มีพระราชบุตรสามพระองค์ พระองค์เปนประถมนั้นทรงพระนาม พระเชษฐาธิราชกุมาร พระองค์ที่สองนั้นทรงพระนาม พระพันปีศรีศิลป์ พระองค์ที่สามนั้นทรงพระนาม พระอาทิตยวงษ์.
๏จึงเสนาพฤฒามาตย์ราชปโรหิตาจารย์ทั้งหลาย มีเจ้าพระยากลาโหมสุริวงษ์เปนประธาน ปฤกษาพร้อมกันอัญเชิญสมเด็จพระเจ้าลูกเธอพระเชษฐาธิราชขึ้นราชาภิเศกครอบครองพระนครกรุงศรีอยุทธยาโดยราชประเพณี อยู่มาได้ ๗ วัน พระพันปีศรีศิลป์ผู้เปนพระอนุชาทรงพระโกรธว่า มุขมนตรีมิได้ยกราชสมบัติให้ ก็พาพรรคพวกของพระองค์ลอบหนีไปยังเมืองเพ็ชรบุรี ซ่องสุมพวกพลจะยกเข้ามา สมเด็จพระเจ้าแผ่นดินตรัศทราบเหตุ ให้แต่งกองทัพออกไป พระพันปีศรีศิลป์มิทันได้จัดแจง กองทัพล้อมจับได้ กุมเอามาถวาย ทรงพระกรุณาให้ประหารชีวิตรเสียณวัดโคกพระยา แลชาวเมืองเพ็ชรบุรีที่เปนใจเข้าด้วยพระพันปีศรีศิลป์นั้น ให้เอาตัวเปนตะพุ่นหญ้าช้างทั้งสิ้น อยู่มา ๔ เดือนเศษ มารดาเจ้าพระยากลาโหมถึงแก่กาลกิริยา แต่งการศพเสร็จ