บกแต่เมืองปราจีนบุรีเข้ามาได้ถึงตั้งประชิดติดพระนคร แต่เขมรมารบแพ้ไทยก็ต้องเลิกทัพกลับไป เมื่อรบเขมรครั้งนั้น สมเด็จพระนเรศวรประทับอยู่ที่พระนคร คงจะได้ช่วยรบเป็นแต่ยังไม่ได้คุมรี้พลออกรบพุ่งด้วยพระองค์เอง แต่ที่มีศึกเขมรเข้ามาพลอยซ้ำเติมนั้นกลับเป็นประโยชน์แก่เมืองไทยในทางอ้อม เพราะผู้คนพลเมืองที่แตกกระจัดพลัดพรายไปอยู่ตามที่ต่าง ๆ เมื่อครั้งศึกหงสาวดี พากันหนีกองทัพเขมรเข้ามาอาศัยพระนครเป็นอันมาก สมเด็จพระมหาธรรมราชาฯ ได้กำลังรี้พลเพิ่มขึ้นจนสามารถสร้างป้อมปราการและขุดขยายคูเมืองแต่งพระนครให้มั่นคง แล้วมีพระราชประสงค์จะบำรุงกำลังทางหัวเมืองเหนือต่อไป จึงโปรดให้สมเด็จพระนเรศวรขึ้นไปครองเมืองพิษณุโลกบังคับบัญชาเมืองเหนือทั้งปวงเมื่อปีมะแม พ.ศ. ๒๑๑๔ เวลานั้นพระชันษาได้ ๑๖ ปี และได้ทรงศึกษาราชการอยู่ในกรุงฯ กว่าปีแล้ว
ที่สมเด็จพระมหาธรรมราชาฯ ให้สมเด็จพระนเรศวรขึ้นไปครองเมืองเหนือ แม้เคยมีเยี่ยงอย่างที่พระเจ้าแผ่นดินแต่ก่อนทรงตั้งพระราชโอรสรัชชทายาทไปครองเมืองเหนือเช่นเดียวกันก็ดี แต่ครั้งนี้พฤติการณ์ผิดกับแต่ก่อน ด้วยเป็นเวลายุคเข็ญของเมืองไทย จะต้องฟื้นบ้านเมืองให้กลับคืนดี และยังมีการสำคัญยิ่งกว่านั้น ด้วยจะต้องระงับความแตกร้าว
