ครั้นเมื่อเสียกรุงแก่พะม่าเมื่อ พ.ศ. ๒๓๑๐ นางพระยาปัตตานีก็ถือโอกาสปลีกตัวจากไทยอีก จนถึง พ.ศ. ๒๓๒๙ เมื่อเสร็จศึกจากพระเจ้าปะดุงในรัชชกาลที่ ๑ แล้ว กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาทได้เสด็จยกทัพหลวงไปขับไล่พะม่าทางแหลมมะลายูไปหมดแล้ว มีพระบัณฑูรออกไปให้บรรดาหัวเมืองมะลายูที่เคยขึ้นแก่ไทยมาอ่อนน้อมตามเดิม พระยาปัตตานีขัดแข็งไม่ยอมอ่อนน้อม ต้องให้กองทัพไปปราบ จึงได้เมืองปัตตานีคืน และได้ปืนใหญ่อันเป็นศรีเมือง เรียกว่า ปืนนางพระยาตารี มาด้วย (บัดนี้ อยู่ที่หน้าศาลาว่าการกระทรวงกลาโหม) เมื่อได้เมืองปัตตานีแล้ว ชะรอยจะตั้งผู้เป็นเชื้อวงศ์ของพระยาปัตตานีคนใดคนหนึ่งให้เป็นเจ้าเมือง แต่พระยาปัตตานีคนใหม่ไม่ซื่อสัตย์ เพราะปรากฏว่า ใน พ.ศ. ๒๓๓๒ พระยาปัตตานีได้ไปชักชวรองเชียงสือ ซึ่งเป็นพระเจ้าเวียดนัมเกียลอง จะให้มาตีหัวเมืองในพระราชอาณาจักร พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกจึงโปรดให้กองทัพไปตีเมืองปัตตานีอีกครั้งหนึ่ง แล้วถอดเจ้าเมืองเก่าเสีย ตั้งข้าราชการไทยเป็นเจ้าเมืองแทน ครั้นต่อมาในรัชชกาลที่ ๒ พะม่าคิดจะยกกองทัพมาตีเมืองไทยอีก ได้ให้ไปชักชวนหัวเมืองมะลายูที่ขึ้นแก่ไทยให้ก่อการกบฏขึ้น แต่เจ้าเมืองปัตตานีเป็นคนไทย จึงปราบปรามไว้ได้ แต่นั้นต่อมา จึงโปรดเกล้าฯ ให้แบ่งเมืองปัตตานีออกเป็น ๗ หัวเมือง คือ ๑. ปัตตานี ๒. ยะลา ๓. ยะหริ่ง หรือยิหริ่ง ๔. ระแงะ ๕. ราห์มัน
