ครั้นถึงสมัยจลาจล เจ้านครศรีธรรมราชได้ให้ญาติของตนคนหนึ่ง มีนามว่า วิเถียน มาครองเมืองสงขลา ครั้นพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงปราบก๊กเจ้านครได้ เจ้านครกับหลวงสงขลา (วิเถียน) ก็พากันหนีไปปัตตานี พระเจ้ากรุงธนบุรีทรงแต่งกองทัพตามลงไปจับได้ทั้ง ๒ คน แล้วเสด็จลงไปประทับที่สงขลา ทรงตั้งชาวเมืองสงขลาคนหนึ่ง มีนามว่า โยน เป็นพระสงขลา แต่ภายหลัง มีพระราชดำริว่า พระสงขลาหย่อนความสามารถ จึงทรงตั้งจีนเหยี่ยง แซ่เฮา ชาวเมืองเจียงจิ้วยา ซึ่งเป็นนายอากรรังนก และเป็นที่เคารพนับถือของราษฎรทั่วไป (ราษฎรเรียกกันว่า ตั้วแป๊ะ บ้าง ขรัวแป๊ะ บ้าง) ทั้งเป็นผู้ที่ได้แสดงความจงรักภักดีต่อพระองค์มานั้น ให้เป็นหลวงอินทคีรีสมบัติครองเมืองสงขลา ต่อมา ให้เปลี่ยนราชทินนามเป็น หลวงสุวรรณคีรีสมบัติ (ต้นสกุล ณสงขลา) ส่วนพระสงขลา (โยม) ให้หาเข้าไปรับราชการในกรุงธนบุรี ให้เมืองสงขลาคงขึ้นอยู่แก่นครศรีธรรมราช ครั้นมาในตอนปลายรัชชกาลพระเจ้ากรุงธนบุรี ทรงตั้งเจ้าพระยานครศรีธรรมราชให้เป็นเจ้าประเทศราช เจ้าพระยานครให้เรียกเอาผู้หญิงช่างทอหูกและบุตรีกรมการเมืองสงขลาไปเมืองนครศรีธรรมราชเป็นจำนวนมาก เจ้าเมืองสงขลาจึงร้องทุกข์เข้าไปยังกรุงธนฯ พระเจ้ากรุงธนบุรีจึงโปรดให้เมืองสงขลามาขึ้นกรุงธนบุรีโดยตรง.
ครั้นเมื่อเจ้าพระยานครศรีธรรมราชถึงพิลาไลยในรัชชกาลที่ ๑ กรมพระราชวังบวรฯ จึงทูลขอให้เมืองสงขลากลับไปขึ้นนคร
