จึงกลับเป็นราชธานีฝ่ายเหนือมีเจ้านายในราชวงศ์ปกครอง เลยเป็นประเพณีสืบมาหลายรัชกาล นับรวมเวลาเกือบ ๑๐๐ ปี
ในระหว่างนั้น เมื่อ พ.ศ. ๒๐๙๑ สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ได้ครองกรุงศรีอยุธยา ทรงตั้งราชบุตรเขยเป็นพระมหาธรรมราชาขึ้นไปครองมณฑลฝ่ายเหนืออยู่ ณ เมืองพิษณุโลก ในปีนั้นเอง พระเจ้าหงสาวดี (ตะเบงชเวตี้) ยกกองทัพพม่ามอญมาตีเมืองไทย เดินกองทัพเข้ามาทางเมืองกาญจนบุรี มาตั้งประชิดติดพระนครศรีอยุธยา สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ตั้งต่อสู้ที่พระนคร แล้วสั่งพระมหาธรรมราชาให้ยกกองทัพมณฑลฝ่ายเหนือลงมาตีกระหนาบข้าศึก พระเจ้าหงสาวดีเห็นจะเสียที ก็เลิกทัพถอยกลับไปทางเมืองกำแพงเพชรและเมืองตาก ครั้งนั้น เป็นทีแรกที่ข้าศึกต่างประเทศจะได้เข้ามาถึงพระนครศรีอยุธยา และเป็นคราวแรกที่ใช้ปืนใหญ่เป็นกำลังสำคัญในการรบ เมื่อเสร็จสงครามแล้ว เห็นจะปรากฏว่า ป้อมปราการที่สร้างไว้แต่ก่อนยังไม่มั่นคง สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์จึงโปรดให้แก้ไขซ่อมแซมแปลงป้อมปราการพระนครศรีอยุธยาทั้งป้อมปราการเมืองพิษณุโลกและหัวเมืองหน้าศึกฝ่ายเหนือทั้งปวงให้มั่นคงขึ้นกว่า
