ขุนวรวงศาธิราชในตอนนี้ แต่ทำการไม่สนิธ ขุนวรวงศาธิราชรู้ตัว จึงชิงปลงพระชนม์สมเด็จพระแก้วฟ้าด้วยลอบวางยาพิษในพระกระยาหาร (ตามเค้าความที่ปินโตโปจุเกตกล่าว) หาได้จับกุมคุมพระองค์ไปปลงพระชนม์ที่วัดโคกพระยาดังกล่าวในหนังสือพระราชพงศาวดารไม่ ถ้าหากจับสมเด็จพระแก้วฟ้าซึ่งเปนพระเจ้าแผ่นดินไปปลงพระชนม์เช่นว่า น่าจะเกิดวุ่นวาย หาเปนการสงบเงียบมาได้ไม่ อีกประการ ๑ ในเรื่องที่ปลงพระชนม์สมเด็จพระแก้วฟ้านั้น คิดดูไม่น่าเชื่อว่าท้าวศรีสุดาจันทร์จะได้รู้เห็นเปนใจด้วยเมื่อก่อเหตุ เพราะธรรมดามารดาถึงจะชั่วช้าอย่างไร ที่จะเปนใจให้ฆ่าบุตรนั้นยากที่จะเปนได้ อาศรัยข้อความทั้งปวงที่กล่าวมา จึงเห็นว่า การที่ปลงพระชนม์สมเด็จพระแก้วฟ้านั้น ขุนวรวงศาธิราชคงลอบทำโดยลำพังความคิดของตน ปกปิดมิให้ท้าวศรีสุดาจันทร์รู้เมื่อก่อเหตุ ต่อสมเด็จพระแก้วฟ้าสวรรคตแล้ว จึงช่วยกันคิดกลอุบาย (หรือโดยท้าวศรีสุดาจันทร์หลงเชื่อ) บอกว่า สมเด็จพระแก้วฟ้าสวรรคตโดยประชวรโรคปัจจุบัน เช่นเปนลม ผู้อื่นแม้ที่สงสัย ไม่มีหลักฐานที่จะยืนยันว่าถูกวางยาพิษ ก็ต้องจำยอมว่าประชวรสวรรคต จึงไม่เกิดวุ่นวาย
ความที่กล่าวในหนังสือพระราชพงศาวดารว่า ท้าวศรีสุดาจันทร์ปรึกษาข้าราชการว่าจะให้ขุนวรวงศาธิราชเปนผู้สำเร็จราชการแผ่นดินนั้น งามจะเข้ากับเรื่องตรงนี้ คือ เมื่อสมเด็จพระแก้วฟ้าสวรรคตแล้ว พระศรีศิลป์ราชอนุชาย่อมเปนรัชทายาท ฝ่ายท้าวศรีสุดาจันทร์เห็นว่าจะ
